青春期綜合征發生的原因有：
1.過度用腦導致腦神經機能失衡。青少年時期身體生長迅速，大腦生理功能快速發育而不穩定，大腦皮層興奮與抑制功能尚不健全，加之學習考試壓力大，使核糖核酸、多肽、多糖蛋白、多種酶及多種內分泌激素等腦能源過度消耗，腦神經機能失衡，青少年會明顯感到大腦混亂、疲勞，從而出現一系列腦神經機能失衡的癥狀而誘發青春期綜合征。
2.過度手淫導致性神經機能失衡。青少年時期生殖器官迅速發育，性腺內分泌激素迅速產生，性心理迅速覺醒，性意識強烈沖動，性神經特別容易興奮躁動，因而出現手淫，久而久之，中樞神經由興奮亢進轉向疲勞抑制造成性神經機能失衡而易于誘發青春期綜合征。
3.心理發育滯后導致心理機能失衡。由于青春期生理與心發育不同步，身高、體重等生理發育迅猛，但心理發育滯后仍處幼稚、單純階段，兩者不協調，之青少年時期特有的心理封閉態，使他們在出現生理機能失衡出現問題時，不能正確認識和對待，又不好意思向家長或醫生坦誠傾訴，從而產生一系列不良的情緒，從而易于誘發青春期合征。
