口腔不可能成為一個無菌的環境，也不能把所有的細菌都消滅。因為消滅細菌之后，又會有真菌襲來，造成更嚴重的、很難控制的后果。因此我們必須堅持不懈地與牙菌斑作斗爭，使這些“社區”維持在一個較低數量，防止“社區”發展壯大，甚至終鈣化，形成牙石。當牙石形成之后，使用日常口腔護理的方法是不能清除掉的，只能尋求專業人士的幫助，用專門的器械清除。
清除牙菌斑和打掃房間類似，墻縫及各種縫隙往往是難清潔的地方，而牙齒的“縫隙”一個是牙與牙齦之間，一個是牙與牙之間。清潔不同的部位需要用到不同的方法，以下將一一介紹：
清潔牙與牙齦之間
刷牙
刷牙是眾所周知的口腔護理方法，也是清除牙菌斑基本和主要的方法。首先要堅持早晚刷牙，而晚上刷牙尤其重要。牙面上的食物殘渣沒有及時清除，為細菌提供了極其豐富的營養物質，細菌可以大量增殖，同時產生更多的有害物質，而睡眠中，唾液分泌減少，不能很好地中和、稀釋這些有害物質，因而會對牙齒造成嚴重的危害。
1.關于牙刷、牙膏的選擇
牙刷一般建議選用軟毛牙刷，避免對牙齒或牙齦造成損傷，而近年來含藥物的牙膏種類較多，主要功效有防齲、抑菌、止血、脫敏及減輕口臭等。但藥物僅起輔助作用，主要靠機械清掃作用，正如洗衣服時，洗衣粉只起輔助作用，關鍵在于揉搓。
2.刷牙的方法
刷牙的方法有數十種之多，關鍵在于牙刷到位，面面俱到。現僅介紹常用的水平顫動法(又稱Bass法)。
一般的方法刷牙后，在牙齒與牙齒之間常余留菌斑，需要用其他方法來補充，來清除殘留的菌斑。根據牙縫的大小不同可以使用牙線、牙簽或間隙刷。
