手指甲有坑的原因眾多，包含遺傳、外傷、甲營養不良、化學刺激、系統性疾病等。

一、遺傳：有些患者手指甲出現坑洼可能源于家族聚集性發病。若家族中存在手指甲有坑的情況，那么個人可能會遺傳到這種現象，進而導致手指甲有坑。

二、外傷：當某個或多個指甲遭受外界的強力沖擊等創傷時，會損傷甲母質，致使指甲發育異常，最終形成手指甲有坑的狀況。

三、甲營養不良：患者體內若是缺乏某些微量元素，就會使指甲的營養吸收不充分，從而出現發育不良，表現為手指甲有坑。

四、化學刺激：長時間接觸化學洗滌物質，比如洗衣液、洗潔精、消毒劑等，會讓局部指甲的發育變得不正常，引起手指甲有坑。

五、系統性疾病：部分疾病如甲亢、風濕性疾病、雷諾病等也會對指甲發育產生影響，它們對指甲局部血液循環存在一定干擾，從而造成手指甲有坑。

總之，造成手指甲有坑的原因非常多樣化，建議前往醫院進行完善檢查以明確診斷，而后在醫生指導下進行規范治療。