卵巢巧克力囊腫的主要癥狀包括痛經、月經異常、繼發性不孕，還可能出現肺部、腹部、會陰的轉移及相應癥狀。

一、痛經：這是最為顯著的癥狀。卵巢巧克力囊腫屬于子宮內膜異位囊腫，其痛經通常呈進行性加重。值得注意的是，痛經的嚴重程度與囊腫大小并無直接關聯。當囊腫較小時，痛經可能就較為明顯；而當囊腫較大時，則會表現為盆腔包塊，在嚴重情況下還可能發生破裂。

二、月經異常：會有經量增多、經期延長或者月經淋漓不盡的情況，這可能與卵巢的病變相關。

三、當出現表面出血或囊壁破損時，會導致卵巢、輸卵管周圍形成廣泛粘連，引發深部性交痛，并且會使輸卵管拾卵和運輸受精卵的功能受到損害，從而導致繼發性不孕。

四、異位的子宮內膜還可能向肺部、腹壁等部位轉移，進而表現出咳血、腹痛等癥狀。

總之，卵巢巧克力囊腫需要及時就醫并進行妥善處理，以避免引發不良后果。