大牙凹槽里有黑色物質且疼痛，可能是齲齒、牙髓息肉或牙結石等原因引起，需要及時就醫，進行口腔檢查和相應治療。

1.齲齒：如果牙齒長期清潔不到位，細菌會利用食物殘渣產酸，逐漸腐蝕牙齒，形成齲洞。齲洞較深時，會出現黑色物質，同時伴有疼痛。此時需要去除腐質，進行充填治療。

2.牙髓息肉：齲齒發展到一定程度，可能會侵犯牙髓，導致牙髓組織增生，形成息肉。息肉從齲洞突出，也會呈現黑色。這種情況需要進行根管治療，去除感染的牙髓，然后修復牙齒。

3.牙結石：牙結石是由牙菌斑鈣化形成的，通常存在于牙齦緣附近。如果大牙凹槽處有牙結石，也會呈現黑色，有時還會刺激牙齦發炎，引起疼痛。可以通過洗牙去除牙結石。

此外，長期咬硬物、牙齒受過外傷等也可能導致牙齒出現凹槽和黑色物質。

總之，大牙凹槽里有黑色物質且疼痛，需要引起重視，及時就醫，以免病情進一步發展。同時，要注意保持口腔衛生，定期進行口腔檢查和清潔。