醫生診斷腸系膜惡性畸胎瘤，主要依據癥狀、腹部X線、超聲、CT、磁共振成像，胃腸道鋇劑灌腸、腎盂分泌造影檢查，血甲胎蛋白（AFP）測定、血人絨毛膜促性腺激素（HCG）測定等進行診斷。具體診斷依據如下：癥狀1.根據瘤體位置、大小、成分、惡性程度的不同。

2.常見的有腹部可觸及無痛性腫塊，質地軟硬不均，甚至可捫及骨性結節。

3.壓迫癥狀可有腸梗阻（惡心、嘔吐、腹脹、停止排便排氣）、腎盂積水（腰部脹痛、膿尿、排尿困難）、下肢水腫等癥狀。

腹部X線、超聲、CT、磁共振成像1.X線片常可見異常鈣化影。

2.超聲、CT、MRI檢查可見混雜信號影，可有強回聲或骨性密度影，邊界不清，無完整包膜，并可明確瘤體部位、大小、浸潤范圍、淋巴結轉移程度及與重要血管關系。

胃腸道鋇劑灌腸、腎盂分泌造影檢查可有腸梗阻、腎盂積水等壓迫表現。

血甲胎蛋白（AFP）及血人絨毛膜促性腺激素（HCG）測定血甲胎蛋白（AFP）、血人絨毛膜促性腺激素（HCG）水平升高。