長期使用生理鹽水清洗鼻腔有不良影響，包括影響鼻黏膜功能、刺激鼻黏膜、導致稀薄液體減少和增加肺部感染幾率等，但有鼻腔疾病的患者可在醫生指導下長期使用以促進分泌物排出等。

一、長期使用生理鹽水清洗鼻腔的不良影響：

1.會影響鼻黏膜功能，還可能刺激鼻黏膜，如使用的器械會對鼻腔黏膜、鼻中隔等部位造成刺激，引起鼻黏膜薄、容易出血等，嚴重時會破壞鼻黏膜功能，造成鼻腔干燥以及灼燒感。

2.會使鼻腔分泌的稀薄液體減少，而這種稀薄液體在呼吸過程中可粘附灰塵，起到清除灰塵、保護呼吸道的作用，還能阻止細菌進入呼吸道，減少細菌感染和下呼吸道感染幾率，其減少會影響這些功能并增加肺部感染幾率。

二、有鼻腔疾病患者可在醫生指導下長期使用：

對于一些有鼻腔疾病的患者，長期使用生理鹽水清洗鼻腔可促進分泌物排出，控制細菌生長，緩解癥狀，幫助疾病恢復。

總之，要正確看待生理鹽水清洗鼻腔這件事，不可盲目長期使用，對于有鼻腔疾病的患者則應遵醫囑合理使用。