新生嬰兒黃疸照藍光一般會有副作用，包括可能出現發熱、腹瀉、皮疹、刺激眼睛、刺激生殖器官等情況，要在正規醫院進行治療。

一、發熱：嬰兒黃疸照藍光時，可能會引發發熱癥狀，體溫會有所波動。這是因為藍光照射可能會使嬰兒體溫調節出現一定變化。此時要及時為嬰兒補充液體，通常在停止照藍光后，發熱癥狀多能得到改善。

二、腹瀉：部分嬰兒還可能出現大便次數增多的現象。如果腹瀉情況不嚴重，一般在停止藍光照射后可逐漸緩解。

三、皮疹：由于嬰兒年齡小，皮膚嬌嫩，在照藍光過程中，有可能對皮膚產生刺激而出現皮疹。

四、刺激眼睛：藍光光線較強，在照藍光時可能對眼睛造成一定刺激，所以需要給嬰兒佩戴眼罩進行防護。

五、刺激生殖器官：照藍光時還有可能對生殖器官造成一定損傷，因此必須做好相應的保護措施。

總之，當新生嬰兒黃疸照藍光出現較為嚴重的副作用時，需要及時配合醫生進行妥善處理。