自然流產后還有早孕反應的原因主要有兩點，一是自然流產不完全，二是自然流產后下次月經前又懷孕了。

一、女性在懷孕期間，尤其是懷孕40天后，會逐漸出現早孕反應，包括惡心、嘔吐、頭暈、乏力、乳房脹痛、尿頻等。這主要是因為懷孕后滋養細胞分泌人絨毛膜促性腺激素（HCG），HCG進而引發了這些反應。

二、通常情況下，若自然流產完全，次日早孕反應就會明顯減輕，而后逐漸完全消失。但要是自然流產不完全，子宮內仍殘留部分胚胎，且存在有活性的滋養細胞，那么就可能繼續分泌HCG，導致早孕反應不會那么快消失。還有一種情況是自然流產后，還沒等到下次月經來潮，就又懷孕了，此時需要進行B超檢查以明確是否有新的妊娠。

總之，自然流產后如果仍有早孕反應，需要考慮以上兩種可能情況，應及時進行相關檢查和診斷，以便采取正確的應對措施。