小腦扁桃體下疝的治療主要分為以下幾類：

一、對于僅在影像學上發現小腦扁桃體下疝但毫無癥狀者，無需進行任何處理，包括手術或服藥，僅觀察即可，因為這只是影像學異常而無實際癥狀表現。

二、若因小腦扁桃體下疝出現以枕部疼痛為主的癥狀，手術治療效果極佳。當出現飲水嗆咳或一些后組顱神經相關的小腦癥狀如咳嗽時，在進行減壓處理后效果也相對較好。

三、若小腦扁桃體下疝本身癥狀不嚴重，但出現明確的脊髓空洞且伴有相應癥狀，同樣建議手術治療。因為脊髓空洞雖發展較慢，但對患者造成的影響頗為嚴重，尤其是一旦產生影響便很難消除。所以為防止繼發性脊髓空洞的出現，建議進行小面積處理，通常也是采取減壓手術。

四、小腦扁桃體下疝可能還會伴有其他問題，比如寰樞椎脫位等。若出現寰樞椎不穩的情況，就必須進行固定，而不能僅進行單純減壓手術。