2歲寶寶發燒39℃，首先要采取以下措施。

一、藥物治療：對于發燒達39℃的寶寶，可通過口服退燒藥來調控體溫，比如布洛芬或乙酰氨基酚，也可將退熱栓塞入肛門進行治療。

1.如果使用退燒藥后溫度顯著下降，且未出現反復發燒的情況，那么體溫基本得到控制。

2.若使用退燒藥后體溫下降不明顯，或者總是出現反復發燒，就需要前往醫院檢查，明確病因后進行針對性治療。

二、物理降溫：可以給孩子洗溫水浴，以幫助孩子散熱，還能使用溫水擦拭額頭、腋下等部位來降低寶寶體溫，同時要讓孩子多喝水，促進身體代謝，通過尿液排出的方式幫助孩子降溫，但一定要注意做好保暖，避免著涼而加重病情。

總之，當2歲寶寶發燒39℃時，要及時進行藥物治療和配合物理降溫，密切關注孩子狀況，根據具體情況采取相應措施。