寶寶發熱39℃且手腳冰涼時可通過以下方法處理：

一、可選擇對乙酰氨基酚或布洛芬成分的退熱藥物口服，或用相應的退熱藥物栓劑進行治療（選其一即可）。寶寶發熱39℃而手腳冰涼是常見表現，這主要是因血管收縮致末梢循環不佳引起。此時適宜用這類退熱藥物來幫助降溫。

二、讓寶寶適當多喝溫熱水，常喝溫熱水有利于體溫恢復正常。水可以促進新陳代謝，幫助散熱。

三、若寶寶無明顯寒戰，可用溫熱水擦拭頸部、腋下、腹股溝等血管豐富部位，但如果寶寶有寒戰表現則不建議擦拭，否則會讓寶寶不適。這是因為擦拭這些部位能加快熱量散發。

四、給寶寶適當用熱水泡腳，能緩解手腳涼現象，促進和恢復血液循環，也更利于體溫降至正常。這樣做能改善末梢循環狀況。

總之，當寶寶出現發熱39℃且手腳冰涼的情況時，可綜合運用這些方法來幫助寶寶降溫，同時要密切關注寶寶狀態，如有異常應及時就醫。