補過的牙三年后疼的原因可能有齲齒、牙髓炎、根尖周炎、牙周炎、牙齒折裂或其他病變。需及時就醫，進行口腔檢查和診斷，以確定具體原因并采取相應治療。

1.齲齒

補過的牙齒如果再次發生齲齒，會引起牙齒疼痛。

2.牙髓炎

齲齒如果沒有及時治療，可能會發展為牙髓炎，導致牙齒疼痛。

3.根尖周炎

牙髓炎如果沒有得到及時治療，可能會發展為根尖周炎，導致牙齒疼痛。

4.牙周炎

補過的牙齒周圍的牙齦可能會發生牙周炎，導致牙齒疼痛。

5.牙齒折裂

補過的牙齒如果受到外力撞擊，可能會發生折裂，導致牙齒疼痛。

6.其他

補過的牙齒如果發生其他病變，也可能會導致牙齒疼痛。

如果您補過的牙齒三年后出現疼痛，建議及時就醫，進行詳細的口腔檢查和診斷，以確定疼痛的原因，并采取相應的治療措施。