小孩囟門閉合晚的原因包括維生素D缺乏、腦積水、其他疾病，如慢性腹瀉等。

一、維生素D缺乏：

小孩出生后，足量的維生素D對于鈣磷的吸收和利用極為重要。若維生素D補充不足，可能引發鈣吸收不良，進而影響骨骼與牙齒發育，導致囟門閉合延遲。通常，大多數小孩的前囟門在2歲左右閉合，而后囟門則在出生6至8周時閉合。

二、腦積水：

小孩出生后，要密切關注囟門和頭圍的變化情況。一旦頭圍較大，就需警惕是否存在腦積水或其他顱內占位性疾病，應及時進行相關檢查與治療。

三、其他疾病：

像慢性腹瀉等情況，可能致使營養吸收和利用出現障礙，從而造成小孩生長發育異常以及囟門閉合延遲。

總之，家長若發現小孩囟門閉合出現異常狀況，應及時帶寶寶就醫，以便在醫生指導下進行妥善處理。