男生排尿時尿道疼，主要由以下原因引起：

一、尿道損傷。可能由于尿道部位遭受摩擦或異物刺激，致使局部出現損傷，在排尿時因尿液刺激就會感覺到疼痛。這種情況通常無需特殊治療，但要注重衛生以避免感染。

二、尿道炎。可能是淋球菌或非淋球菌感染所致，因尿道黏膜存在炎癥反應，往往會有尿痛、尿急等表現。此時需遵醫囑使用抗生素藥物進行治療，比如鹽酸左氧氟沙星膠囊、諾氟沙星膠囊等。

三、尿道結石。因為尿道內存在結石，對尿道黏膜產生刺激并引發黏膜破潰，從而在排尿時會有顯著疼痛感。若是較小的結石，通常可自行排出，而對于無法自行排出的情況可采取內鏡下碎石術來治療。

除上述原因外，也有可能是如尿道息肉等其他因素導致。建議前往醫院就診，配合醫生查明具體原因，以便進行有針對性的治療。

總之，當男生出現排尿時尿道疼的情況，要及時就醫檢查，明確原因后采取合適的治療措施。