胚胎染色體異常通常是指胚胎染色體出現結構異常或數目異常。

其中結構異常包括染色體易位，如2條染色體之間發生片段交換，如果在易位過程中沒有遺傳物質增加或丟失，通常攜帶者表型可正常。若攜帶者在減數分裂過程中產生大量不平衡配子，則可伴隨復發性早期流產、子代染色體異常等風險。結構異常中還包括染色體倒位，也會增加著床失敗、自然流產等不良妊娠結局。而數目異常通常包括染色體數目增加或減少，如三體或單體可伴隨自然流產、畸形或嚴重的出生缺陷，如果僅表現為性染色體數目異常，通常可以繼續妊娠并分娩，但是對生殖影響較大。

若因為胚胎染色體異常出現復發性流產，可以考慮通過第三代試管嬰兒技術提高受孕能力及胚胎質量。