耳朵流透明水是否能自愈需要根據具體情況而定。如果癥狀輕微且無明顯不適，可以嘗試一般治療并觀察；如果癥狀持續或加重，應及時就醫并遵醫囑治療。

一般來說，如果癥狀較為輕微，且是由輕微的外耳道炎等引起的，那么通過保持外耳道干燥、避免再次刺激（如摳耳朵、耳內進水）等一般治療措施，有可能逐漸自愈。

然而，如果耳朵流透明水伴有其他癥狀，如疼痛、瘙癢、聽力下降等，或者癥狀持續不減甚至加重，那么可能是由更嚴重的疾病引起的，如中耳炎、外耳道濕疹等。此時，自愈的可能性較小，需要及時就醫，并在醫生的指導下進行相應的治療。

此外，若是由于腦脊液自耳漏出等嚴重情況引起的耳朵流透明水，那么必須立即就醫，以免發生逆行感染、顱內感染等嚴重后果。