臨床上并沒有有效預防胃腸道間質瘤的方法，通過定期體檢、改善工作環境、做好防護措施等可以早期治療或降低疾病的患病率。

1.定期體檢

人體的親屬患有NF1、Carney-Stratakis綜合征等遺傳性疾病時，應該定期體檢，進行胃腸鏡檢查，有利于早期發現和治療胃腸病變。

2.改善工作環境

人體還應該改善工作環境，避免長時間處于含核輻射的環境中，避免胃腸間質細胞損傷，降低胃腸道間質瘤的患病率。

3.做好防護措施

人體處于放射線的環境中時，應該做好防護措施，穿鉛衣，阻隔放射線的照射，從而預防胃腸道間質瘤的發生。