沙眼可通過臨床表現、流行病學史、實驗室檢查等方式與其他疾病相鑒別。

1、臨床表現

沙眼患者急性發病時主要表現為眼紅、眼疼、異物感、膿性分泌物、耳前淋巴結腫大、壓痛等癥狀，瞼結膜處可見乳頭和濾泡。慢性期患者不適癥狀略有減輕，可伴有不同程度的視力下降，其他眼部疾病癥狀會與沙眼略有差異。

2、流行病學史

沙眼是一種傳染病，若患者曾經有過沙眼患者接觸史，出現上述癥狀時可基本判斷為沙眼。

3、實驗室檢查

沙眼是由沙眼衣原體感染引起的眼部疾病，患者可通過結膜細胞學檢查、衣原體分離培養、分子生物學技術檢測與其他疾病相鑒別。