扁桃體發炎引起低燒可能是由病毒感染、細菌感染或過敏等原因導致的，具體情況如下：

1.病毒感染

病毒感染是扁桃體發炎的常見原因之一，常見的病毒包括流感病毒、腺病毒等。病毒感染引起扁桃體炎癥后，機體會產生一定的免疫反應，導致體溫升高，低燒是其中一種表現。

2.細菌感染

細菌感染也是扁桃體發炎的常見原因之一，常見的細菌包括鏈球菌等。細菌感染引起的扁桃體炎癥會導致炎癥反應，機體產生免疫反應，引起低燒。

3.過敏

扁桃體也可以因過敏反應而發炎，過敏原可以是花粉、灰塵等。過敏反應會導致機體產生一定的免疫反應，引起低燒。

除以上相對常見的原因之外，還有其他可能的原因，比如扁桃體異物、藥物反應等。如果癥狀持續不退或者伴隨其他癥狀，建議及時就醫。