如果患者沒有不適的癥狀，大多數的扁桃體結石不需要治療。當患者存在疼痛、腫脹、吞咽困難等不適癥狀時，可通過扁桃體切除術徹底治愈。

扁桃體切除是切除扁桃體和結石，去除結石的同時，避免復發。因為如果單純取出結石，結石取出后會留下空隙，食物殘渣、異物容易滯留在里面。并且，大多數扁桃體結石的患者都伴有扁桃體慢性炎癥，這很可能會導致結石復發。

如果沒有及時接受治療，隨著病情的進展，癥狀會逐漸加重，甚至引發耳部、頸部疼痛及上呼吸道感染，可能影響正常生活。如果及時接受正規治療，疾病可以治愈，且無后遺癥，不會影響正常生活及壽命。