慢性咽炎和慢性扁桃體炎有很多區別：一是發病部位不同，咽炎一般是咽部黏膜以及淋巴組織反復發炎引起的，扁桃體炎是扁桃體反復發炎造成的。二是發病原因不同，慢性扁桃體炎是急性扁桃體反復發作引起的，一般是細菌或分泌物大量在扁桃體窩或者自身變態反應導致的。慢性咽炎是急性咽炎反復發作造成的，咽部臨近的上呼吸道病變、氣候變化、環境變化、長期大聲說話、過敏等都可能引發咽炎。三是癥狀不同，慢性咽炎會出現咽黏膜慢性充血，慢性扁桃體炎會出現扁桃體腫大。