長期喝苦蕎茶可能會導致脾胃虛寒，因為苦蕎茶是寒性的食物，還可能會出現反酸、腹瀉以及身體消瘦，而且部分喝苦蕎茶還可能會出現過敏的癥狀，出現皮膚瘙癢、咳嗽頭暈以及呼吸困難等。

對苦蕎過敏的人不宜喝苦蕎茶。對苦蕎過敏的癥狀是吃了苦蕎食物后皮膚瘙癢、頭暈、哮喘。苦蕎茶不能空腹大量飲用。苦蕎茶能促進消化，如空腹喝大量苦蕎茶會加重饑餓感，如果患者低血糖，喝大量苦蕎茶會出現血糖下降等不適癥狀。胃病患者不應喝太多苦蕎茶。在中藥中，苦蕎具有感冒藥的特性。過量食用苦蕎會引起反酸性腹瀉。