一、克隆病
本病的臨床表現和X線征象與腸結核極為酷似，有時甚難鑒別，可借助下列幾點協助診斷。
①本病無肺結核或腸外結核病史。
②病程一般更長，不經抗結核治療可出現間斷緩解。
③糞便及其它體液及分泌物檢查無結核菌。
④X線檢查可見病變以回腸末端為主，有多段腸曲受累，并呈節段性分布。
⑤腸梗阻、糞瘺等并發癥較腸結核更為多見。
⑥切除病變腸段作病理檢查無干酪樣壞死，鏡檢與動物接種均無結核桿菌。
二、右側結腸癌
①本病發病年齡多為40歲以上中老年人。
②無長期低熱、盜汗等結核毒血癥及結核病史。
③病情進行性加重，消瘦、蒼白、無力等全身癥狀明顯。
④腹部腫塊開始出現時移動性稍大且無壓痛，但較腸結核腫塊表面堅硬，結節感明顯。
⑤X線檢查主要有鋇劑充盈缺損，病變局限，不累及回腸。
⑥腸梗阻較早、較多出現。
⑦纖維結腸鏡檢可窺見腫瘤，活檢常可確診。在臨床上結腸癌的發病率較腸結核為高。
三、阿米巴或血吸蟲病性肉芽腫
腸阿米巴或血吸蟲病可形成肉芽腫病變，在鑒別診斷上應注意。該類疾病無結核病史，膿血便較常見，糞便中發現有關的病原體，直腸及結腸鏡常可證實診斷，相應的特異性治療有效。
四、其他疾病
除上述疾病外，腸結核尚應與下列疾病鑒別。以腹痛、腹瀉為主要表現者應與腹型淋巴瘤、腸放線菌病相鑒別。以急性右下腹劇痛為主要表現者應注意避免誤診為急性闌尾炎。以慢性腹痛牽扯上腹部者易與消化性潰瘍、慢性膽囊炎混淆。有稽留高熱者需排除傷寒。