NTM性角膜炎起病緩慢，病灶往往遷延不愈。早期癥狀為畏光、流淚、眼紅、部分患者有眼痛，但不明顯;隨病情發展會出現視力下降。典型的臨床體征包括角膜基質多灶性點狀浸潤、無痛性角膜潰瘍及基質膿腫;少數患者可發生角膜穿孔;進展期出現衛星病灶及前房積膿。根據臨床表現可作出NTM性角膜炎的臨床診斷，病因診斷須依靠實驗室檢查。
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