預防復發的關鍵是防止感染的發生，應用廣譜抗生素是必須的，術中除取組織，分泌物作培養外，在關腹之前必須大量反復沖洗，應用有活力的組織，如大網膜、椎前筋膜等覆蓋于已修補好的腸道上及腹主動脈的殘端(行解剖外旁路重新建立下肢循環的病例)，借以隔離腸道及血管。對于原發性AEF患者，若采取置換人工血管方法，則應用PTFE材料人工血管，該材料目前認為對抗感染力強度遠勝于Dacron材料。術后可行CT或MRI檢查，以期早期發現AEF的再發。