潛伏期8～30天，平均為18天。患者大多無前驅期癥狀，而以耳下部腫大為首發病象，少數病例可有短暫非特異性不適(數小時至2天)，可出現肌肉酸痛、食欲不振、倦怠、頭痛、低熱、結膜炎、咽炎等癥狀。近十多年來我國流腮病情較前加重，表現為熱程長，并發癥增多，住院患兒占門診患兒的比例也增高。
起病大多較急，有發熱、寒意、頭痛、食欲不振、惡心、嘔吐、全身疼痛等，數小時至1～2天后，腮腺即顯腫大。發熱自38～40℃不等，癥狀輕重也很不一致，成人患者一般較嚴重。腮腺腫脹最具特征性一側首先腫脹，但也有兩側同時腫脹者;一般以耳垂為中心，向前、后、下發展，狀如梨形而具堅韌感，邊緣不清。當腺體腫大明顯時出現脹痛及感覺過程，張口咀嚼及進酸性飲食時更甚。局部皮膚緊張發亮，表面灼熱，但多不紅，有輕觸痛。腮腺四周的蜂窩組織也可呈水腫，可上達顳部及顴骨弓，下至頜部及頸部，胸鎖乳突肌處也可被波及(偶而水腫可出現于胸骨前)，因而使面貌變形。
通常一側腮腺腫脹后1～4天(偶爾1周后)累及對側，雙側腫脹者約占75%。頜下腺或舌下腺也可同時被波及，頜下腺腫大時頸部明顯腫脹，頜下可捫及柔韌而具輕觸痛的橢圓形腺體;舌下腺也可同時被累及，舌下腺腫大時可見舌及頸部腫脹，并出現吞咽困難。
腮腺管口(位于上頜第二臼齒處的頰粘膜上)在早期常有紅腫。唾液分泌初見增加，繼而潴留而減少，但口干癥狀一般不著。
腮腺腫脹大多于1～3天到達高峰，持續4～5天逐漸消退而恢復正常。整個病程約10～14天。
不典型病例可無腮腺腫脹而以單純睪丸炎或腦膜腦炎的癥狀出現，也有僅見頜下腺或舌下腺腫脹者。
流行性腮腺炎實際上是全身性感染，病毒經常累及中樞神經系統或其他腺體或器官而產生相應的癥狀。甚至某些并發癥不僅常見而且可不伴有腮腺腫大而單獨出現。
神經系統并發癥
無菌性腦膜炎、腦膜腦炎、腦炎：為常見的并發癥，尤多見于兒童患者，男孩多于女孩。