1.結核性腦膜炎
一種有結核桿菌引起的腦血管病性疾病，近年來結核性腦膜炎的發病率有逐漸增加的趨勢，其原因不是很清除，估計與環境污染可能有關。典型的病例診斷比較容易，但是不典型的病例很多，如果耽誤治療，引起嚴重的后遺癥，甚至影響病人的生命。
起病緩慢，熱度不高，腦脊液細胞數輕至中度升高，糖及氯化物顯著降低，可找到結核桿菌。
2.病毒性腦炎
由多種不同病毒引起的中樞神經系統感染性疾病，又稱無菌性腦膜炎或漿液性腦膜炎。本病見于世界各地。其發病率每年為11～27/10萬。臨床表現類同，主要侵襲腦膜而出現腦膜刺激征，腦脊液中有以淋巴細胞為主的白細胞增多。病程呈良性，多在2周以內，一般不超過3周，有自限性，預后較好，多無并發癥。病毒侵犯腦膜同時若亦侵犯腦實質則形成腦膜腦炎。根據病情情況可呈大小不同的流行，亦可散在發病。一般認為本病屬中醫學溫病、痙證范疇，乃由溫熱外襲，化熱人營，蒙閉心竅，引動肝風所致。
多低熱，腦脊液中細胞數正常或輕度升高;而化膿性腦膜炎多高熱，腦脊液中細胞數明顯升高，且糖含量降低，乳酸、乳酸脫氫酶、溶菌酶的增高和pH值降低，可作鑒別。
3.其他
用影像學檢查方法如CT、MRI等，作出鑒別診斷一般不難。如：腦腫瘤、蛛網膜下腔出血、代謝性腦病等其他疾病引起的神經系統癥狀體征需要鑒別。