小兒自閉癥的發病原因有很多，不同的病因，患兒出現的癥狀也不一樣。而這些病因從父母開始就開始了，如果父母有某些疾病也是引起小兒出現自閉癥，而在生產期也是會導致小兒自閉癥的出現。在產后如果小兒生了某些特殊疾病或者腦部受到嚴重損傷，也是會引發小兒自閉癥的。
那么導致自閉癥的原因主要有哪些呢
1. 遺傳的因素：20%的自閉癥者中，他的家族可找到有智能不足、語言發展遲滯和類似自閉癥的。此外，自閉癥男童中約10%有染色體脆弱癥。
2. 腦傷：包括在懷孕期間窘迫性流產，生產過程中早產、難產、新生兒腦傷，以及嬰兒其因感染腦炎、腦膜炎等疾病造成腦部傷害等因素，都可能增加自閉癥機會。
3. 懷孕期間的病毒感染：婦女懷孕期間可能因麻疹或流行性感冒病毒感染，使胎兒的腦部發育受損傷而導致自閉癥。
4. 新陳代謝疾病：如苯酮尿癥等先天的新陳代謝障礙，造成腦細胞的功能失調和障礙，會影響腦神經訊息傳遞的功能，而造成自閉癥。