1.桿菌痢疾
嬰兒痢疾表現多不典型。常無膿血便，臨床呈一般腹瀉的表現，較難鑒別。應注意流行情況，常能問出接觸史。排便前常哭鬧，顯示里急后重。仔細觀察可見患兒大便頻繁，但每次量不多，有時可見水樣便糞質中混有膿血，鏡下有較多膿細胞、紅細胞和吞噬細胞。而大腸桿菌腸炎每次便量多，一部分每次可達20ml以上，大便中粘液常見，但極少稠膿，偶有少數白細胞與紅細胞，應培養鑒別。
2.嬰兒出血性腸炎
起病與大腸桿菌腸炎無異，但治療后腹瀉不止且病情加重，腹脹較重，高熱、頻繁嘔吐，重者吐咖啡樣物。大便早期呈水樣，潛血試驗陰性，以后出現典型的暗紅色果醬樣大便。脫水重，可早期出現休克。中毒癥狀重者可昏迷、驚厥。
3.“生理性腹瀉”
滲出性體質小兒可生后不久即開始排黃綠色稀便，大便次數多，但不吐，食欲好，體重增加正常。到添加輔食后，大便自然恢復正常。