乙肝病毒(HBV)侵入人體后，首先與肝細胞膜上的受體結合，脫去包膜，穿入肝細胞質內，然后脫去衣殼，部分雙鏈環狀HBVDNA進入肝細胞核內，在宿主酶的作用下，以負鏈DNA為模板延長正鏈，修補正鏈中的裂隙區，形成共價閉合環狀DNA。以下是乙肝的具體病因形成過程。
1、以共價閉合環狀DNA為模板，在宿主RNA聚合酶II的作用下，轉錄成幾種不同長短的mRNA，其中3.5kb的mRNA含有HBVDNA序列上全部遺傳信息，稱為前基因組RNA。
2、前基因組RNA進入肝細胞質作為模板，在HBV逆轉錄酶作用下，合成負鏈DNA;再以負鏈DNA為模板，在HBVDNA聚合酶作用下，合成正鏈DNA，形成子代的部分雙鏈環狀DNA。
3、最后裝配成完整的HBV，釋放至肝細胞外。胞質中的子代部分雙鏈環狀DNA 也可進入肝細胞核內，再形成共價閉合環狀DNA并繼續復制。共價閉合環狀DNA半壽 (衰) 期長，很難從體內徹底清除。