“胃鏡和活組織檢查”是診斷慢性胃炎的主要方法。淺表性胃炎常以胃竇部最為明顯，多為彌漫性胃粘膜表面粘液增多，有灰白色或黃白色滲出物，病變處粘膜紅白相間或花斑狀，似麻疹樣改變，有時有糜爛。萎縮性胃炎的粘膜多呈蒼白或灰白色，亦可呈紅白相間，白區凹陷;皺襞變細或平坦，由于粘膜變薄可透見呈紫蘭色粘膜下血管;病變可彌漫或主要在胃竇部，如伴有增生性改變者，粘膜表面顆粒狀或結節狀。
活檢標本應時作病理學及幽門螺旋桿菌檢測，可先置一標本于含酚紅的尿素液中作尿素酶試驗陽性者于30-60分鐘內試液變成粉紅色，另一標本置特殊的培養液中，在微氧環境下培養，再一標本制作成切片，以HE或Warthin-Starry或Gieemsa染色。切片上可見在粘膜層中有成堆形態微彎的桿菌，呈魚貫狀排列。