小兒外科有很多常見疾病，其中一些疾病是兒童特有的，須盡早治療。而小兒疾病的治療方法不是成人的復制，與成人不同。
目前，小兒外科常見疾病主要有以下幾種：
一是小兒腸套疊。所謂“腸套疊”，就是一段腸管套入相連接的另一段腸管內，這是一種小兒特有的疾病，其中8個月左右的小兒發病較多，兩三歲的也有。其發病原因比較復雜，但大多數小兒是因腸炎、消化道畸形、腸系膜淋巴結炎等引起的。
二是小兒腹股溝斜疝。是因腹股溝管鞘狀突未能及時閉合，腸管等腹腔內器官，即可沿開放的鞘狀突逐漸向外疝出，而形成腹股溝斜疝，這是腹股溝斜疝發病最常見的先天性原因，也是小兒腹股溝斜疝最多見的原因。這些病例常在出生后或生后不久就出現典型的癥狀。
三是先天性巨結腸。這是一種常見的消化道畸形。胚胎發育期由于病毒感染、代謝紊亂、胎兒局部血運障礙等作用下，造成腸壁神經細胞減少或發育停頓，或神經細胞變性，致使遠端無神經細胞的腸段呈痙攣、狹窄狀，形成功能性腸梗阻。
四是小兒先天性畸形。臍腸瘺、臍尿管病、無肛等。這類疾病是胎兒發育過程中的多種因素導致的，在小兒外科疾病中占有一定的比例。
此外，小兒外科還有一些疑難重癥，如膽總管囊腫、腹腔內腫瘤等等。