多為全身性粟粒的一部分，通過血行播散而來。據調查1964～1977年所見1180例結腦中，診斷出粟粒型者占44.2%。在這14年從 152例結腦的病理解剖，發現有全身其他臟器結核病者143例(94%);合并肺結核者142例(93.4%)(其中以粟粒型肺結核占首位);合并肝脾粟粒結核約占62%，腎粟粒結核41%，腸及腸系膜淋巴結核約占24%。結核病變波及腦膜主要通過血行-腦脊液途徑。結腦的發生與機體的高度性有關。此外，結腦變可因腦實質或腦膜干酪灶破潰而引起。偶見脊椎、顱骨或中耳與乳突的結核灶直接蔓延侵犯腦膜。
腦膜彌漫充血，腦回普遍變平，尤以腦底部病變為最明顯，故雙有腦底腦膜炎之稱。延髓、橋腦、腳間池、視神經交叉及大腦外側裂等處的蛛網膜下腔內積存較多垢濃稠膠樣滲出物，呈灰白色乃至灰綠色混濁狀態。濃稠滲出物及水腫包圍擠壓顱神經可引起顱神經損害。炎癥可波及腦干、脊髓及神經根。腦部血管周圍有漿細胞及淋巴細胞浸潤，早期主要表現為急性動脈炎。病程越長則腦血管增殖變越明顯，可見閉塞性動脈內膜炎。以致腦梗塞軟化或出血。
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