(1)膀胱頸纖維化增生-膀胱頸攣縮
多由慢性炎癥引起，膀胱頸部平滑肌為結締組織所代替。發病年齡較輕，一般在40～50歲出現癥狀，臨床表現與前列腺增生相似，但檢查前列腺不增大。膀胱鏡檢查是最可靠的鑒別診斷方法。
(2)前列腺癌
前列腺癌和前列腺增生多發生于老年人。這是兩種不同起源的疾病，前列腺癌多發生于前列腺外周區，而前列腺增生發生于前列腺移行區和尿道周圍腺區。兩種疾病可同時存在。兩者有類似的臨床癥狀，但在較晚期的前列腺癌，直腸指診和B超檢查兩者有明顯的不同，前列腺增生時腺體增大，表面光滑，富于彈性，中央溝變淺或消失;而前列腺癌則為質地堅硬，界限不清的結節或腫塊。B超檢查前列腺增生時包膜回聲連續，內部光點均勻;前列腺癌則包膜回聲不連續、界限不清。前列腺活檢可做出確切鑒別。臨床上應重視對較早期前列腺癌的發現，對前列腺增生患者應仔細做直腸指診，發現前列腺結節或臨床懷疑前列腺癌時應做穿刺活檢，以排除前列腺癌。
(3)神經源性膀胱功能障礙
可引起排尿困難、尿潴留，也可繼發泌尿系感染、結石和腎積水，臨床表現與前列腺增生相似，老年患者容易誤診為前列腺增生。但神經源性膀胱功能障礙常有明顯神經系統損害的病史和體征，如下肢感覺和運動障礙，便秘，會陰部感覺減退或喪失，肛門括約肌松弛，收縮力減弱或消失，應用尿流動力學檢查可明確診斷。但應注意兩者同時存在的可能。
(4)尿道狹窄
尿道狹窄時出現排尿困難，患者多數有尿道炎癥、外傷或尿道器械檢查損傷病史。用尿道擴張器探查，尿道口徑縮小，尿道造影可見狹窄段尿道僵直變細。查前列腺體不見增大。