小兒癲癇的病因是多方面的，常見的小兒癲癇病因有營養代謝性疾病、先天性因素、腦發育不全等。臨床還表明：產傷、中毒因素、外傷和遺傳因素也是小兒癲癇病因。
1、營養代謝性疾病：低血糖、糖尿病昏迷、維生素B6缺乏、甲亢等均可引起癲癇發作。
2、先天性因素：腦畸形、腦積水、染色體異常等先天疾病，以及胎兒出生以前在母體內受到的損害，它可造成大腦發育異常，生后出現癲癇發作，如孕婦腹部受傷、子宮出血、紫外線照射、服用對胎兒有害藥物、各種微生物尤其是風疹、麻疹病毒及弓形體感染等。
3、腦發育不全、腦發育遲緩、腦萎縮，各種腦炎、腦膜炎、腦膿腫病人愈后部分人可有癲癇后遺證;腦血吸蟲、腦囊蟲病可引起癲癇。
4、產傷：是嬰幼兒癥狀性癲癇的常見原因，造成產傷的原因有產鉗助產、胎頭吸引器吸引、頭盆不稱、胎位異常、胎兒過大、產程過長、初產婦年齡過大、產道緊張等。
5、羊水吸入胎兒窒息、臍帶繞頸、胎盤早剝、前置胎盤、臍帶脫垂、剖腹產等，日后發病率明顯增加。
6、中毒：鉛、煤氣、農藥以及全身性疾病如肝性腦病、急進性腎炎、尿毒癥等均可引起癲癇發作。
7、遺傳因素：癲癇病人的子女有百分之五發生癲癇。
8、外傷和免疫力低下：外傷和有些嬰幼兒經常感冒發燒，有時也可引起癲癇。
有很多原因會讓腦功能出現障礙，導致癲癇的產生，它是一種慢性、反復出現的發作性疾病，預防癲癇應從孕期開始，孕婦要保持心情愉快，避免跌交和腹部受到撞擊。臨產時要保護胎兒，避免窒息和腦外傷。