(一)抗結核藥物治療
早期腎結核腎盂造影顯示病變較輕或局限，正確使用抗結核藥物多能治愈。在治療中，將2～3種藥物聯用，結核病變影響到腎被膜繼發感染，干酪樣物質堵塞輸尿管時，出現鈍痛或絞痛。腎結核合并對側腎積水，也有腰痛和腰部腫塊。輸尿管結核病變引起管腔堵塞，造成腎積水或腎積膿時。腰部出現脹痛和腫塊。
(二)營養支持療法
給予高熱量，高蛋白富含營養的食物，保證休息，改善全身的營養狀況。
(三)手術治療
1.腎切除術腎結核破壞嚴重應進行腎切除，手術前必須明確對側腎功能正常。腎結核對側腎積水、梗阻嚴重腎功能代償不良應爭取先引流解決腎積水，挽救腎功能，而后再行病腎切除術。
2.腎結核病灶清除術和腎部分切除術此類手術可以作為藥物治療的補充。前提是所保留的腎組織基本是健康的，輸尿管和膀胱功能良好。近年很少用這類手術。
(四)并發癥的治療
腎結核合并對側腎積水的治療，必須在結核控制以后。腸膀胱擴大術一般適用于膀胱結核已愈合，無尿道結核的病人。攣縮性膀胱的男性病人往往有前列腺結核，不宜行腸膀胱擴大術。有尿道梗阻的攣縮膀胱考慮尿流改道手術(輸尿管皮膚造口術、回腸膀胱術)。