根據臨床表現和多導眠記錄儀的監護結果即可對這幾種類型的睡眠呼吸紊亂做出明確診斷，有時需與其它疾病如肺心病，睡眠呼吸紊亂樣現象相鑒別。
需要注意的是盡管健康人REM睡眠時相呼吸較規則，但在睡眠開始時也可見到幾分鐘的呼吸不穩定時期，到穩定睡眠后就消失。這一時期看到的呼吸暫停不存在呼吸運動，易被誤認為CSAS。無癥狀的健康人也可出現阻塞性睡眠呼吸暫停，但通常每晚少于20次，僅有輕度動脈血氧飽和度降低。如果發生在REM睡眠時相，由于喚醒反應減弱，可導致明顯的動脈血氧飽和度下降。
此外，易與睡眠呼吸暫停綜合征混淆的呼吸暫停樣現象有以下二種：①癲癇 沒有緊張陣攣的輕度癲癇也可存在呼吸暫停。如發生在睡眠時或睡眠樣的發作后狀態可與睡眠呼吸暫停混淆，可借助腦電圖鑒別。②陳-施氏呼吸 可見于心輸出量減少或循環時間延長的患者，以及影響呼吸中樞的各種神經系統疾病和一些老年人。很難與中樞性呼吸暫停區別，而且兩者可并存。但陳-施氏呼吸的呼吸幅度變化緩和，從小到大，然后變小至呼吸暫停，呼吸暫停時間較短。中樞性呼吸暫停傾向于突然發生，常合并喚醒反應，呼吸暫停時間較長，可達60s。此外，陳-施氏 呼吸可持續到清醒狀態，而中樞性呼吸暫停在清醒時不出現，并且常在REM睡眠時加重。
慢阻塞性肺病患者睡眠時可伴有明顯的呼吸和氣體交換功能惡化，主要是嚴重的動脈血氧飽和度降低及合并短暫特異性呼吸異常，如呼吸暫停和呼吸不足。在REM睡眠時相最明顯，其機制尚不清楚，可能與該睡眠時相伴有的呼吸活動異常有關。另外，這些患者清醒時即存在化學通氣反應遲鈍，睡眠時可進一步加重，減少通氣反應。此種情況是否診斷睡眠呼吸紊亂及如何命名尚無一致意見。