遺傳因素使某些兒童具有驚厥易感性，在各種環境因素的促發下產生腦炎后遺癥發作。對此，北京黎明醫院專家提醒：要特別強調遺傳咨詢的重要性，應詳細地進行家系調查，了解患者雙親、同胞和近親中是否有腦炎后遺癥發作及其發作特點，對能引起智力低下和腦炎后遺癥的一些嚴重遺傳性疾病，應進行產前診斷或新生兒期過篩檢查，以決定終止妊娠或早期進行治療。
對于繼發性腦炎后遺癥應預防其明確的特殊病因，產前注意母體健康，減少感染、營養缺乏及各系統疾病，使胎兒少受不良影響。防止分娩意外，新生兒產傷是腦炎后遺癥發病的重要原因之一，避免產傷對預防腦炎后遺癥有重要意義。如果能夠定期給孕婦作檢查，實行新法接生，及時處理難產，就可以避免或減少新生兒產傷。對于嬰幼兒期的高熱驚厥要給予足夠重視，盡量避免驚厥發作，發作時應立即用藥控制。對小兒中樞神經系統各種疾病要積極預防，及時治療，減少后遺癥。
一、抗病毒治療：雖然目前尚無有效的抗病毒藥物，但以下藥物可以使用：碘甙(皰疹凈)、三氮唑核苷(病毒唑)、丙種球蛋白，其他如轉移因子，干擾素可以提高機體對病毒的抵抗能力，均可應用。
二、對癥處理：
1、退熱、止痙高熱可以引起抽痙。用物理降溫或中、西藥物退熱。苯巴比妥或安定可預防或控制抽搐。
2、減輕腦水腫20%甘露醇。亦可用氫化可的松或地塞米松。
三、加強護理：病程中應加強護理，防止褥瘡發生。要供給一定的水分、營養及電解質。對出現精神癥狀的病兒要防止發生意外。觀察是否出現腦疝的先兆。
四、其他：其他系統受累時，如心肌炎、肺炎等應及時處理，病后遺留的后遺癥可采用針灸、推拿、藥物及訓練等方法治療。
腦炎后遺癥的預后與病變的范圍和病情的輕重有關。腦部病變較局限且未侵犯"生命中樞"，病情較輕時，其預后往往良好。如昏迷持續時間較長，或有頻繁驚厥時，腦部缺氧及病理變化加重，預后多較差，容易留有神經、精神的后遺癥。某些病毒所致的腦炎預后較差，如西方馬腦炎患兒常有后遺癥，年齡愈小愈嚴重。