目前，食管癌的病因雖尚未完全明了，但近年來國內外對食管癌病因進行了多途徑探索。從亞硝胺、營養、微量元素、真菌及病毒、遺傳等多方面，多層次進行研究和探索，獲得了很有意義的進展。一般認為食管癌的發生可能是多種因素綜合作用的結果。

　　與食管癌發病的有關因素如下

　　一、亞硝胺類化合物和真菌毒素

　　現已知有近30種亞硝胺能誘發實驗動物腫瘤，國內已成功地用多種硝酸鹽代謝產物誘發了大鼠的食管癌;同時，我國學者通過降低我國食管癌高發區內食物和飲水中硝酸鹽類物質的含量也降低了高發區內食管癌的發病率。

　　真菌霉素的致癌作用早為人們所注意。我國林州食管癌的研究結果證明，當地居民喜食的酸菜中，含有大量白地霉菌和高濃度硝酸鹽、亞硝酸鹽和二級胺，其中包括亞硝胺，食用酸菜量與食管癌的發病率呈正相關。

　　二、飲食習慣

　　流行病學調查發現，食物的物理性刺激如粗糙或過硬的食物、過熱的食物或液體、食物酸菜、飲用濃茶、飲酒、咀嚼檳榔、吸煙等似與食管癌的發生有一定的關系。

　　三、營養因素和微量元素

　　飲食中缺乏動物蛋白、脂肪、新鮮蔬菜和水果等，可引起必需營養成分(如維生素A、B、C、E等)的缺乏，與食管癌的發生有關。水及食物中的鉬、鈷、錳、鐵、鎳、鋅、氟、鋁、銅等缺乏，直接或間接的與食管癌的發病有關。

　　四、食管損傷、食管疾病及食物的刺激作用

　　在腐蝕性食管灼傷和狹窄、食管賁門失弛緩癥、食管憩室或反流性食管炎患者中，食管癌的發病率較一般人群為高，這可能與食管黏膜上皮長期受炎癥、潰瘍及酸性、堿性反流物的刺激導致食管上皮增生及癌變有關。

　　研究資料表明，反流性食管炎患者的食管下端鱗狀上皮有時可被柱狀上皮替代而形成Barrett食管，Barrett食管的癌變危險平均為1%/年，其癌變率比同齡對照組高30～125倍。

　　生活習慣與食管癌的發病也有關，如新加坡華裔居民中操福建方言者有喝燙飲料的習慣，其食管癌的發病率比無此習慣、講廣東方言者要高得多;哈薩克人愛嚼刺激性很強的含煙葉的“那司”，這也與其食管癌的高發有關;酗酒與食管鱗癌的發病有關，烈性酒的危險要大于葡萄酒和啤酒。

　　五、遺傳因素

　　食管癌的發病有明顯的家族聚集現象，這與人群的易感性與環境條件有關。在食管癌高發區，連續3代或3代以上出現食管癌患者的家族屢見不鮮。在我國山西、山東、河南等省的調查發現，有陽性家族史的食管癌患者約占1/4—1/2，高發區內陽性家族史的比例以父系最高，母系次之，旁系最低。

　　六、食管癌基因

　　近研究發現癌基因(如C-myc、EGFR、Cycline D、int-2、hst-1等)的激活和抑癌基因(如p53、Rb、APC、MCC、DCC等)的失活可能在食管癌的發病機制中起重要作用。