腦積水畸胎是由遺傳因素和環境因素共同作用所致的多因子遺傳性疾病。為了減少劣生和提高人口健康素質，除應采取病因研究外;還應進行婚前檢查;嚴禁近親婚配;開展遺傳咨詢。
1、加強產前早期診斷
及早終止妊娠，預防腦積水兒的出生。腦積水兒的產前早期診斷是預防腦積水兒出生的重要途徑。由于明顯的腦積水，在孕12-18周即可通過B超查出，所以要加強B超在產前診斷中的應用，及早終止妊娠，預防腦積水兒的出生，降低先天性腦積水的出生率。
2、宣傳優生知識，減少胎次
據有關資料表明，胎兒患腦積水的危險度可因孕婦產次增加而升高。兩胎以上者腦積水發生率明顯上升。因此，宣傳優生知識，減少胎次，是防止腦積水兒的途徑之一。
3、提倡適當年齡生育
從有關資料顯示，腦積水畸胎的發生率有隨孕婦年齡增加而遞增的趨勢。一般25―29歲組發生率最低，但差異無顯著性，30歲以后發生率就有遞增趨勢。因此，提倡適當年齡生育，對預防腦積水兒的發生有一定意義。
4、加強優生教育，提高人口文化素質
據有關統計資料提示，腦積水兒的發生與孕婦文化程度有關，孕婦文化程度越低發生率越高，文盲與半文盲者后代的患病率最高。所以要提高人口的健康素質，首先應提高人口的文化素質，以增強群眾對優生教育的接受能力和自我保健意識。
5、安全生產，謹防窒息、產傷
孕婦生產時，一定要在環境條件較好的醫院生產，在生產過程中不要拖延產程，謹防圍產兒窒息，防止產傷。這是預防圍產期腦積水兒發生的重要環節。