尖銳濕疣臨床表現多種多樣，初期常無癥狀，無痛苦，剛開始為小淡紅色、暗紅色或污灰色乳頭狀隆起，逐漸增大加多，呈乳頭樣、菜花樣或蕈樣突起。病損增大時，可有壓迫及癢感，表面易于糜爛，滲出混濁漿液，帶有惡臭，且因每次搔抓引起繼發性感染。
扁平疣呈米粒及芝麻大扁平隆起的損害，表面光滑，色淺褐或正常皮色。
傳染性軟疣初起為米粒大、半球形丘疹，中心有小白點，逐漸增至如綠豆大，境界明顯，質硬，中心凹陷似臍窩，呈灰白、乳白、微紅或正常皮色，表面光滑。損害數目不定，少數散在，或數個簇集，不想融合，可擠出白色乳酪樣物。
尋常疣初起為米粒大小，微黃色角化性丘疹，中央可見一針頭小紅點，逐漸增至綠豆大小，圓形或多角形乳頭狀隆起，境界明顯，質硬，表面粗糙呈刺狀，灰白，污染或污褐色。初發常為1個，長期不變或不斷增多，鄰近者互相融合，有時可自身接種。
典型病例，肉眼可作出診斷。外陰有尖銳濕疣者，應仔細檢查陰道及宮頸以免漏診。對體征不典型者，則需進行輔助檢查以確診。細胞學檢查可見到挖空細胞，表現為中層細胞核大，有時可見到雙核，核深染，核周有大空泡，雖然挖空細胞的特異性較高，但挖空細胞的檢出率較低。