男性尿路感染的發病率雖較之女性為低，但并不罕見。男嬰的發病率高于女嬰，男∶女=4∶ 1。部分原因是男嬰的先天性泌尿生殖道疾病較多。其他原因有：男嬰的抵抗力低，膀胱排尿不全和尿道口糞便污染。青少年男性的尿路感染較少見，中年后漸增，在老年(65歲后)則與女性發病率大致相等，主要原因是細菌性前列腺炎和前列腺肥大(國內統計占36.4%)。
男性尿道口離會陰和肛門較遠，又有干燥的龜頭上皮包裹尿道口，故一般認為，男性尿路感染是一種“并發病”，即內源性菌叢借宿主泌尿道的結構、功能異常，致防衛能力削弱而發病。其主要發病機理有以下幾點：
1.前列腺肥大
前列腺肥大可阻塞尿道致膀胱排尿不全，老年人前列腺液的抗菌能力較弱，而且，前列腺炎的細菌極易侵入膀胱，引起尿路感染，若伴有前列腺結石，也增加了感染機會，而且感染難以消除。
2.其他泌尿道的異常
致使泌尿道異常的后天因素較多，如神經源性膀胱收縮無力、異物、腫瘤、狹窄和因創傷、手術或輻射引起的改變，致膀胱排空功能減退，殘余尿量增多。若尿路管腔內壓升高或尿路某段過度擴張，或有尿路插管，細菌進入膀胱，易引起繁殖而導致尿路感染的發生。
3.同性戀
據美國文獻報道，男性尿路感染與同性戀有關。