由于目前沒有特效的抗病毒藥物，尖銳濕疣的治療必須采用綜合治療。主要包括治療誘因：(白帶過多，包皮過長、淋病)。提高機體免疫力。應用抗病藥物。一般只要堅持規則的綜合治療可以達到臨床痊愈，但復發幾率95%以上。
1、手術療法 對于單發、面積小的濕疣，可手術切除;對巨大尖銳濕疣，可用Mohs氏手術切除，手術時用冷凍切片檢查損害是否切除干凈，單一手術復發幾率很高。
2、冷凍療法 利用-196℃低溫的液體氮，采用壓凍法治療尖銳濕疣，促進疣組織壞死脫落，本法適用于數量少，面積小的濕疣，可行1-2次治療，間隔時間為一周,這種方法一般可以清除疣體，容易復發。
3、激光治療 通常用CO2激光，采用燒灼法治療尖銳濕疣，本療法最適用女陰、陰莖或肛周的濕疣。對單發或少量多發濕疣可行一次性治療，對多發或面積大的濕疣可2-3次治療，一般在復發周期20天-3個月。
4、電灼治療 采用高頻電針或電刀切除濕疣。方法：局部麻醉，然后電灼，本療法適應數量少，面積小的濕疣，這種方法只是清除疣體。
5、微波治療 采用微波手術治療機，利多卡因局麻，將桿狀輻射探頭尖端插入尖銳濕直達疣體基底，當看到疣體變小、顏色變暗、由軟變硬時，則熱輻射凝固完成，即可抽出探頭。凝固的病灶可以用鑷子挾除。為防止復發，可對殘存的基底部重復凝固一次。
6、β-射線治療 我們應用β-射線治療尖銳濕疣取得了較為滿意的效果，該方法療效高，無痛苦、無損傷、副作用少，復發率在85%以上，在臨床上有一定推廣價值。
7、藥物療法 常用足葉草酯(尤脫欣、鬼臼毒素、疣迪)、抗病毒藥、腐蝕劑或消毒劑、抗癌藥。
8.免疫療法 自體活菌疫苗免疫療法，干擾素誘導劑，干擾素、白介Ⅱ，卡介素、靈桿菌素等