腎結核多經血行感染，因此，最初均為雙腎同時受累。結核桿菌進入腎皮質層腎小球的血管叢中，形成多數微小肉芽腫病灶。如果細菌量少、患者的免疫力高，則病灶限于皮質內，大都能自行愈合，臨床上呈不出現癥狀，稱為病理型腎結核。如果細菌量多、毒性強、患者免疫力下降，結核桿菌可經腎小球過濾到腎小管髓襻，或經血行抵達腎髓質。由于該處血流緩慢、血循環差，易形成結核病灶。繼而病變經腎小管、淋巴管或直接蔓延到腎乳頭，穿破腎乳頭到腎盞、腎盂，發生結核性腎盂腎炎，引起癥狀，稱為臨床型腎結核。臨床型腎結核多為單側腎結核。

　　腎結核的病理改變有結核結節、干酪樣壞死、空洞形成、腎纖維化、腎鈣化等等。結核結節是由纖維組織增生，漿細胞、淋巴細胞和上皮樣細胞圍繞菌落而形成的結節。結核結節可逐漸擴大、彼此融合，中心壞死，而形成干酪樣病變。干酪樣物質液化后可排入腎盂形成空洞，這種壞死潰破一般發生在腎乳頭處，進而蔓延之腎盞、腎盂，在黏膜上形成結核結節和潰瘍。腎內一旦形成空洞，多難于自行愈合，并逐漸擴大，還可通過腎內淋巴管、血行從腎的一部分擴散到其他部分，最后形成多發空洞、腎積膿，使整個腎臟被破壞。腎結核發展至腎周圍時，可發生腎周圍炎或腎周圍冷膿腫，向外潰破則形成經久不愈的結核竇道。另外，由于對干酪樣變的病理反應使腎臟發生明顯纖維化，纖維組織使腎皮質和髓質分隔，血管周圍的纖維化又導致腎內動脈狹窄，使腎皮質缺血、萎縮，稱為梗阻性腎皮質萎縮。晚期腎結核可發生鈣化，先出現在空洞的邊緣，而后擴散致整個腎臟，呈斑點狀或貝殼樣鈣化。如全腎鈣化、輸尿管完全閉塞，患腎尿液不能流入膀胱，膀胱結核可逐漸好轉愈合，則稱為“腎自截”。

　　輸尿管結核表現為黏膜的結核結節、潰瘍及管壁的纖維化。病變為多發性，管腔呈節斷性狹窄，可使輸尿管增粗、變硬，形成一僵硬的條索，引起狹窄以上的輸尿管及腎盂擴張積水。

　　膀胱結核主要表現為結核結節、潰瘍及膀胱攣縮。結核結節最先出現在患側輸尿管口周圍，然后向三角區及他處擴散。結核結節可互相融合、形成潰瘍，潰瘍可深達肌層，引起嚴重廣泛的纖維組織增生，使膀胱肌肉失去收縮能力，容量縮小，當膀胱容量小于50ml時，稱為膀胱攣縮。膀胱結核可使輸尿管口狹窄、閉合不全，洞穴樣改變。對側輸尿管口閉合不全或(和)狹窄，可使尿液反流或梗阻，進而引起對側腎積液。此外，潰瘍可穿透膀胱壁，形成膀胱陰道瘺或膀胱直腸瘺。

　　尿道結核病變主要是潰瘍、纖維化及狹窄。