以梗阻的性質而言，最重要的是機械性梗阻，但神經性功能障礙在小兒泌尿系梗阻中也是一重要因素。一般輸尿管口以上的梗阻稱為上尿路梗阻，而膀胱、膀胱頸部、后尿道及前尿道等部位的梗阻，稱為下尿路梗阻。
1.尿道
常見的原因有狹窄，狹窄處可在包皮口、尿道口或尿道。尿道狹窄多由創傷或炎癥所引起。而先天性前、后尿道瓣膜，前尿道憩室是小兒泌尿系梗阻的重要原因。此外尚有尿道結石，盆腔及會陰部腫瘤也可引起梗阻。
2.膀胱及膀胱頸部
膀胱神經功能障礙是較常見的原因。此外膀胱畸形(膀胱憩室，重復膀胱)，結石、膀胱內、外腫瘤都常引起梗阻。
3.輸尿管
狹窄的異位輸尿管口，輸尿管囊腫引起輸尿管梗阻。膀胱輸尿管反流在小兒較成人多見，而結石和盆腔腫瘤浸潤壓迫也是梗阻原因。
4.腎及腎盂
最多見的是腎盂和輸尿管連接部先天性狹窄，也可因該部瓣膜，異位血管壓迫造成梗阻。腎畸形(如蹄鐵形腎)和腎異位時尿引流不暢。結石及腫瘤也可引起梗阻。