門靜脈的血液必須要在一定的壓力驅動下才能持續流向肝臟，正常的門靜脈壓力為13～24cmH2O，平均是18cmH2O。各種原因如果使門靜脈血流受阻、血液瘀滯時，門靜脈系統的壓力就會超出正常值形成門靜脈高壓。門靜脈高壓癥的病因，可分為肝前、肝內型和肝后型三種。我國以肝內型最常見，約占90%左右。
肝前型
門靜脈高壓癥的常見原因是肝外門靜脈血栓形成、先天畸形和外在壓迫等。這種肝外門靜脈阻塞的病人，肝功能多正常或輕度損壞，預后較肝內型好。
肝內型
按病理形態的不同又可分為竇前型、竇型、竇后型三種。竇前阻塞常見的原因是血吸蟲病性肝硬化。血吸蟲在門靜脈系統內發育成熟，產卵，形成蟲卵栓子，順門靜脈血流抵達肝小葉間匯管區的門靜脈小分支，從而引起這些小分支的血栓性內膜炎和其周圍的纖維化，致門靜脈的血流受阻，門靜脈壓力升高。竇后性阻塞常見病因是肝炎后肝硬化。主要病理改變是肝小葉內纖維組織增生和肝細胞的增生。由于增生的纖維索和再生肝細胞結節的擠壓，使肝小葉內肝竇變窄和阻塞，以致門靜脈血液不易流到肝小葉的中央靜脈，血流淤滯，引起門靜脈壓力升高。竇后阻塞，由于許多肝小葉內肝竇的變窄或閉塞，以致部分壓力高的肝動脈血流經肝小葉間匯管區的動脈交通直接反注入壓力低的門靜脈小支，使門靜脈壓力更高。
肝后型
主要是肝外門靜脈主干血栓形成，門靜脈主要是屬支的阻塞所致。最常見為脾靜脈血栓形成。肝外型門靜脈的阻塞，在梗阻的遠端血流停滯，靜脈壓力升高，可以發生食管靜脈曲張及上消化道出血。此類病人多見于小兒，肝功能多屬正常。