灰指甲中帶有大量的真菌，不進行殺菌治療，真菌會在指甲中大量繁殖，成為一個“感染源”。灰指甲里的真菌可隨著搔抓而接種到身體其他部位，引起手癬、足癬、體癬、股癬等真菌感染性疾病。并且如果不治療灰指甲，身體其他部位的真菌感染就會反復發作。女性患者還可能引起真菌性陰道炎等婦科疾病，嚴重威脅健康。身體帶有病原菌的人不宜從事醫生、護理人員、檢驗員、飲食服務從業者、絲綢紡織工等職業，因此灰指甲患者的職業會受到一定的限制。
灰指甲會造成指甲變色、變形，嚴重影響美觀，有礙社交活動。特別是手指甲受累時，患者握手時會自慚形穢，感到尷尬，不愿意做親密的動作。特別是主持人、演藝界及公關人員等需要拋頭露面的職業，要求外表的美觀，灰指甲會危及患者的工作。長此以往，患者會受到來自工作、婚姻、生活、社交等各方面的打擊，會感到挫敗感，導致情緒低落、自卑等，嚴重者可引發抑郁癥。