灰指甲的治療主要靠抗真菌藥物，由于口服抗真菌藥物副作用大，目前一些外用抗真菌藥物應運而生，并可獲得較好的療效。常用的有8%環吡酮甲涂劑，聯苯芐唑甲藥盒，5%阿莫羅芬甲涂劑。
1、8%環吡酮甲涂劑，商品名巴特芬。它是一種由德國赫司特公司研制開發的甲涂劑劑型。環吡酮對角質層有極佳的穿透性，在病甲板的外側涂藥后可以滲透到甲板內側，而且涂藥后像涂指甲油一樣透明、亮澤、美化外觀。它對大部分皮膚癬菌都有較好的殺滅效果。用法較簡便，每周只需涂藥1～2次，指甲病變連用4個月，趾甲病變連用6個月可獲治愈。
2、聯苯芐唑甲藥盒，商品名美克藥盒。它是由德國拜耳公司研制生產的剝甲加抗真菌殺菌藥。它的藥盒內有螺旋涂藥器、刮甲器、防水膠布、每克含0.01克聯苯芐唑和0.4克尿素的軟膏。尿素有良好的剝甲效果，聯苯芐唑有良好抑制殺滅真菌的效果。先用軟膏涂抹在病甲上，連續封包1～2周，當病甲軟化后用刮甲器刮掉已軟化的甲板。然后外用1%聯苯芐唑軟膏每日涂1次，連用4周，或直到正常甲板完全長出為止。
3、5%阿莫羅芬甲涂劑，商品名為羅美樂，是由瑞士羅氏公司研制生產的抑制殺滅真菌的藥物，其療效好用法也很簡單，每周涂藥1～2次，連用6個月可獲治愈。