原發性肝癌起病隱匿，早期缺乏典型癥狀。甚至有的患者肝癌已屬晚期，但癥狀仍不明顯。經AFP普查檢出的早期病例可無任何癥狀和體征，稱為亞臨床肝癌。臨床原發性肝癌診斷包括病史和體檢、活檢和病理分析、計算機斷層掃描、磁共振掃描等檢查方式。患者一旦確診后，還需盡早就診，以免病情加重。
原發性肝癌的診斷方法如下：
1、病史和體檢：病人以往的病史及治療情況對于癌癥的診斷非常重要。腫瘤專家還必須對病人進行仔細的體格檢查，包括總體健康狀況、與疾病癥狀有關的檢查，如肝臟腫脹、腹水或黃疸等。
2、活檢和病理分析：在顯微鏡下觀察從體內異樣結構中擷取的細胞或組織樣本，檢測是否有癌癥或其它變異。該樣本可以通過在X-射線掃描或是超聲波掃描定位時細針穿刺取得。這種方法稱為細針活檢或針吸活檢。活檢可以和腹腔鏡檢測同時進行。
3、計算機斷層掃描(CT掃描)：CT掃描可以從不同角度拍攝體內各部位圖象。圖象是由與X射線機器連接的計算機拍攝而成的。這種方法稱為計算機斷層掃描。
4、磁共振掃描(MRI掃描)：通過磁場和無線電波拍攝多幅人體內區域的圖象。圖象由計算機處理。這種方法又稱為核磁共振掃描。